性能测试
运行时间与内存占用
建议:pyscenic构建转录因子与基因之间的共表达网络需要用到随机森林算法,当细胞数增加时,运行时间和内存指数增加。 推荐分析时,针对目标细胞先进行筛选再进行分析。
- 运行时间和内存与细胞数成正比,细胞数越多,资源需求越高
 - 推荐优先筛选目标细胞亚群后分析
 - 参考性能(n_cpus=24)
 
| 样本 | 细胞数 | 运行时间(h) | 内存(G) | 
|---|---|---|---|
| sample1 | 20629 | 7.8 | 23 | 
| sample2 | 21500 | 13.7 | 29 | 
| sample3 | 81843 | 23 | 79 | 
| sample4 | 84510 | 37.5 | 108 | 
| sample5 | 321856 | >96 | >200 | 
