geneSetEnrichment |
gsea |
基于经典的基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)方法,利用表达谱数据和表型标签(如实验组 vs 对照组)计算基因集在排序基因列表中的富集程度,识别与表型显著相关的通路或功能模块。 |
Stereo-seq h5ad |
geneSetEnrichment |
gsva |
执行基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis, GSVA),属于非参数的无监督分析方法。通过将基因表达矩阵转换为基因集活性矩阵,评估基因集在单个样本中的富集分数,适用于发现样本间基因集的活性差异(如肿瘤亚型分析)。 |
Stereo-seq h5ad |
geneSetEnrichment |
prerank |
针对预排序的基因列表(如根据差异表达分析的logFC或p值排序)进行富集分析,无需原始表达数据。常用于灵活性更高的场景(如整合不同排序指标),直接评估基因集在排序列表中的富集程度。 |
带有gene信息和log2FC值的csv格式文件 |
geneSetEnrichment |
enrichr |
对输入的基因列表进行富集分析,支持多种功能数据库(如GO、KEGG、WikiPathways)。快速获取基因列表在已知通路或功能中的富集结果,适合小规模基因集的快速注释。 |
带有gene信息和log2FC值的csv格式文件 |