性能测试
Stereo-seq测试数据
| 样本 | 细胞数目 | 细胞类群(个) |
|---|---|---|
| sample1_bin100 | 17,884 | 29 |
| sample1_bin50 | 70,761 | 38 |
| sample1_bin20 | 439,383 | 39 |
| sample1_cellbin | 134,703 | 39 |
| sample2_bin100 | 23,061 | 11 |
| sample2_bin50 | 91,106 | 11 |
| sample2_bin20 | 5,643,322 | 11 |
运行时间与内存占用
- Squidpy：运行时间/内存随着细胞数增加而增大，不同binsize运行时间均在1小时以内可完成， bin20的内存会显著增加；
- CRAWDAD：运行时间/内存随着细胞数增加而增大，不同binsize内存均在10G以内，bin20的运行时间会显著增加；
- CRAWDAD：运行时间受--crawdad_perms影响极大，增加此值会提高p值的准确性但增加计算时间。默认推荐10
