输入文件示例
h5ad数据格式说明
test.h5ad：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、细胞类型注释等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。
celltype_list细胞类型列表文件（非必须）
celltype_list.txt:自定义细胞类型列表文件，无表头，每行一个细胞类型
| Fibroblast |
| T/NK |
TF_list转录因子列表文件（非必须）
TF_list.txt:自定义转录因子列表文件，无表头，每行一个转录因子
| CLOCK(+) |
| E2F3(+) |
| EBF1(+) |
| E1S1(+) |
转录因子数据库说明
- 内置数据库来源：
- 转录因子列表（TF list）：包含目标物种的所有已知转录因子基因名https://github.com/aertslab/pySCENIC/tree/master/resources
- 参考数据库（Feather文件）：存储基因与转录因子结合位点（motif）的调控潜能排序。https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/
- 转录因子注释文件：关联 motif 与对应转录因子的映射关系。https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/
- 自定义数据库构建可参考：
- pySCENIC官方文档：https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/
- CistTarget数据库说明：https://resources.aertslab.org/cistarget/