时空数据分析软件（SDAS）使用手册
软件简介
安装指南
快速入门
各功能模块使用说明
SDAS输入数据格式描述
性能测试环境和数据描述
数据处理
简介
输入文件示例
运行命令说明
细胞类型注释
简介
h5ad数据格式说明
cell2location算法
构建单细胞参考数据
细胞注释
RCTD算法
Tangram算法
SCimilarity算法
构建单细胞参考数据 (非必须)
细胞注释
SPOTlight算法
性能测试
空间结构域识别
简介
h5ad数据格式说明
graphST算法
性能测试
细胞邻域分析
简介
单一细胞类型模式
细胞类型分数模式
性能测试
CNV分析
简介
输入文件示例
InferCNV算法
性能测试
空间基因共表达
简介
输入文件示例
hdWGCNA算法
Hotspot算法
NeST算法
性能测试
差异基因分析
简介
输入文件示例
单细胞/pseudobulk差异分析
性能测试
基因富集分析
简介
输入文件示例
GSEA算法
GSVA算法
Enrichr算法
Prerank算法
性能测试
蛋白互作网络分析
简介
输入文件示例
GN/MCL/Kmeans聚类
细胞通讯分析
简介
输入文件示例
cellchat算法
cellphonedb算法
性能测试
轨迹分析
简介
输入文件示例
monocle3算法
性能测试
转录因子分析
简介
输入文件示例
pyscenic算法
性能测试
细胞空间距离关系分析
简介
输入文件示例
Squidpy算法
CRAWDAD算法
性能测试
公共数据库验证
简介
免疫浸润分析模块
基因集评分模块
生存分析模块
流程示例
集群投递模式
单机服务器模式
版本说明
技术支持
常见问题
SDAS日志和退出码规范
SAW aggr(alpha ver.)流程介绍
参考文献及Github
Published with GitBook
转录因子分析
转录因子分析
转录因子分析
简介
输入文件示例
pyscenic算法
性能测试
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