输入文件示例

h5ad数据格式说明

• st.h5ad：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、基因名、差异分析分组等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述gsea和gsva 直接基于此h5ad文件。
• prerank要求输入st.h5ad文件的某obs列必须有geneID和log2FC，分析结果与gsea类似，建议输入所有基因的结果列表；
• enrichr要求输入st.h5ad文件的某obs列必须有deg_gene_name，建议输入显著差异基因列表；

数据库说明(非必须)

• 4种富集分析功能都支持gmt格式的数据库文件，且数据库中的gene name都为大写，SDAS中自带标准构建好的人和小鼠数据库；
• 输入自定义的gmt数据库时，gene信息必须为大写，因为流程会将gene信息都改为大写再与数据库进行匹配；
• 软件默认下载了human和mouse的Msigdb数据库，如果想用其他数据库可用其它gmt，可以在SDAS软件路径sdas_deg_enrichment/lib/GSEA_DB下根据需求使用--gmt进行指定；