h5ad数据格式说明

输入h5ad格式说明

• st.h5ad：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、基因名、空间坐标等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。多片空转数据可以提供自定义的slice_key，默认为'sampleID'，用于画图 (在cell2location中也用于提供批次信息)。如果不提供，则当做单片处理。
• sc.h5ad：单细胞表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、基因名等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。同时单细胞obs中要有注释信息，存在自定义的label_key中; RCTD算法不支持注释信息有‘/’的情况。
• SCimilarity算法只适用于人类样本。

输出h5ad格式说明

• 输入h5ad+注释结果：每个细胞类型的分数存在obsm['anno_score_<algorithm_name>']中，分数最高的类型存在obs['anno_<algorithm_name>']中。算法的其他输出结果和中间文件没有保存。
• 未被注释的细胞的类型统一为NA。