输入文件示例
h5ad数据格式说明
st.h5ad
:空间转录组表达矩阵AnnData对象,要求包含原始表达矩阵、空间坐标等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。
莫兰指数文件格式说明(非必须)
./moran.csv
:已经计算好的基因莫兰指数文件,(包含了squidpy分析的Moran's I 指数分析的结果,前2列为必需列:与h5ad一致的基因名称和moranI),以逗号分隔,示例内容如下:
|
moranI |
pval_norm |
var_norm |
pval_norm_fdr_bh |
real_gene_name |
ENSG00000164433 |
0.8273024881077159 |
0.0 |
0.0 |
0.0001022749701474042 |
FABP5 |
ENSG00000106078 |
0.8203151436536835 |
0.0 |
0.0 |
0.0001022749701474042 |
STX3 |
ENSG00000170260 |
0.7993499975159156 |
0.0 |
0.0 |
0.0001022749701474042 |
HSPB1 |
ENSG00000163220 |
0.797949719212986 |
0.0 |
0.0 |
0.0001022749701474042 |
S100A9 |
ENSG00000187021 |
0.7868677451739036 |
0.0 |
0.0 |
0.0001022749701474042 |
NTS |