性能测试
Stereo-seq测试数据
我们共测试了11个样本，包括小鼠大脑和多种人类肿瘤样本。每个样本测试了cellbin、bin20、bin50和bin100（若可用）。bin20数据的基因数约100至900。
| Cellbin | Bin20 | Bin50 | Bin100 | |
|---|---|---|---|---|
| 基因数量 | 300~1千 | 100-900 | 600-4千 | 1.9千以上 |
| 细胞数量 | 30万-40万 | 50万-70万 | 8万-12万 | 2万-3万 |
运行时间与内存占用
- NeSt/hotspot/hdWGCNA算法使用n_cpus控制并行线程数，该性能测试使用n_cpus=8。
- 运行时间和内存需求与细胞及基因数量呈显著正相关，即数据规模越大，计算耗时和内存占用越高。
- 运行时间：hotspot > nest/hdWGCNA
- 内存：nestt/hdWGCNA > hotspot
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